Temat stary, ale tak na przyszłość - w VLC można poprawić to w trakcie odtwarzania, wystarczy wejść w
Narzędzia > Sychronizacja ścieżki
i ukazuje nam sie piękne okienko gdzie możemy ...

Jedyny pomysł jaki mi przychodzi do głowy to wydzielenie ścieżki w VirtualDubie, dostosowanie długości (dodanie kilka sekund ciszy/obcięcie kawałka materiału) i wrzucenie poprawionej.